Pierwsza klasyfikacja ptaków powstała w połowie wieku siedemnastego i sporządzona została przez dwóch angielskich naukowców. Pracę tą modyfikuje jednak prawie sto lat później Linneusz tworząc inny system klasyfikacji, który cały czas znajduje się w użyciu – oczywiście po jego odpowiedniej modernizacji i rewizji. W systemie tym ptaki zostały sklasyfikowane jako jedna z gromad, natomiast taksonomia filogenetyczna będzie umieszczała je w obrębie przodków dinozaurów zaliczanych do teropodów. Chociaż mało z nas zdaje sobie z tego sprawę, to współczesne ptaki oraz krokodyle to jedyni żyjące przedstawicieli gadów naczelnych, czyli są niejako potomkami dawnych dinozaurów. Bardzo często będzie także podawało się, że wszystkie ptaki wywodzą się od jednego przodka, którego szczątków jednak nie udało się odnaleźć, czy też od tak zwanego praptaka, który miał żyć na ziemi sto pięćdziesiąt milionów lat temu w późnym okresie jury i jest to z całą pewnością najstarszy z ptaków mieszczący się w trakowej klasyfikacji.
Praptak
Mianem praptaka naukowcy najczęściej określali będą pierwsze z prymitywnych ptaków występujące w okresie późnej jury, które są najbardziej podobne do ptaków nowożytnych. Stworzenia te posiadały średnią wielkość, która porównywalna może być do dobrze znanych nam z obecnych czasów kruków. Charakteryzowały się czteropalczastymi dolnymi kończynami, gdzie pierwszy z palców był przeciwstawny do pozostałych, był to więc swojego rodzaju kciuk. Przednia z kończyn była natomiast trójpalczastą, inne z elementów ciała, na przykład ogon był całkowicie kostny i zbudowany z licznych kręgów. Ptak ten w odróżnieniu od dzisiejszych posiadał jeszcze zęby, a na palcach skrzydeł posiadał pazury, u obecnych ptaków natomiast kończyny przednie całkowicie zmieniły się w już w procesach ewolucji w skrzydła, gdzie nie dojrzymy palców. Wszystkie skamieniałości, które udało się odkryć w przypadku praptaka właśnie pochodziły będą mniej więcej z tego samego okresu, około stu pięćdziesięciu milionów lat wstecz.
Dinozaury
Odkrycia różnego rodzaju kopalin oraz skamieniałości oraz ich bardzo intensywne analizy jednoznacznie dowodzą, że ptaki zaliczyć można do teropodów, czyli latającej grupy zwierząt z okresu jury, które posiadały bardzo bliskie pokrewieństwo do dinozaurów. Z czasem odkrywania kolejnych nielotnych teropodów, które wykazują duże pokrewieństwo z ptakami granica pomiędzy tymi zwierzętami zaczęła się zacierać. Niedawne odkrycia dokonane w jednej z chińskich prowincji wpływają na dodatkowe potęgowanie wszystkich niejasności, między innymi fakt odkrycia wielu skamieniałości teropodów w pełnym, czy też częściowym upierzeniu. Współcześni paleontolodzy będą zakładali oprócz tego, że ptaki najbliżej spokrewnione są z grupą dinozaurów w skład której wchodzą między innymi troodony. Formy te razem będą tworzyły formę paraptaków. Pierwsze z prymitywnych dromeozaurów posiadały cechy, które dawały im możliwość szybowania, czy też latania, były one przeważnie małe, czy też posiadały średnią wielkość. Pozwala to więc snuć przypuszczenia, że wspólny przodek prowadził nadrzewne życie i posiadał możliwość szybowania. Oprócz tego niedawno udało się odkryć szczątki dinozaurów, czy też ich krewnych, które posiadały zdolność do aktywnego lotu. Stwierdzono to przede wszystkim poprzez występowanie charakterystycznego dla ptaków grzebienia oraz haczykowatych wyrostków na żebrach, posiadał więc wiele cech, którymi charakteryzują się także ptaki nowożytne.
Wczesna ewolucja
Ptaki wykształcały wiele różnorakich form już w okresie kredy. Wiele tych grup zachowywało elementarne cechy teropodów, takie jak na przykład pazury, zęby – z czasem jednak zostały one utracone, gdyż okazały się nieprzydatne. Podczas gdy wczesne z form w postaci praptaków zachowały jednak formę ogonową i charakterystyczny rozkład kości w tejże ptasiej części ciała. Pomimo ekstremalnych specjalizacji pokrewieństwo pomiędzy pierwszymi z przodków ptaków i ptaków nowożytnych jest naprawdę bardzo bliskie, co zauważalne jest w wielu cechach.
Kontrowersje
Zauważyć można wiele kontrowersji, które będą wiązały się z prowadzeniem badań nad pochodzeniem ptaków. Na samym początku niezgodności dotyczyły teorii bezpośredniej ewolucji ptaków od dinozaurów, czy też przejścia z bardziej prymitywnej formy. Zwolennicy pochodzenia od dinozaurów nie umieli znaleźć złotego środka i określić, który z przodków byłby najbardziej prawdopodobny, teropody właśnie, czy też inne dinozaury. Pomimo faktu, że grupa ta posiada specyficzną budowę miednicy, która jest wręcz identyczną do dzisiejszych ptaków nowoczesnych to sugeruje się, że ptaki wywodzić mogą się od dinozaurów o całkowicie innych ukształtowaniach i przystosowaniach ciała, a budowa miednicy wykształciła się całkowicie niezależnie w procesie ewolucji. Faktem niepodważalnym jest jednak stwierdzenie, że budowa miednicy charakterystycznej dla ptaków niezależnie wykształcała się wśród części teropodów. Część naukowców utrzymywała, że ptaki to nie dinozaury, ale efekty ewolucji pradinozaurów. W większości publikacji podawali oni jako argument zbieżność podobieństw pomiędzy wcześniejszymi organizmami żywymi a nowożytnymi ptakami, gdzie nie widać tak naprawdę pokrewieństwa. W momencie jednak kiedy na początku lat dziewięćdziesiątych ubiegłego wieku stało się prawie całkowicie pewne, że dinozaury to niejako przodkowie ptaków hipotezy zostały całkowicie zmienione. Oprócz tego na podstawie wykopalisk z tego samego okresu udało się wskazać wcześniejsze gatunki, od których mogły wywodzić się pradinozaury, jedne z przodków ptasich gatunków.
Ptaki współczesne
Najpóźniejsze z odkryć dowodzą, że dzisiejsze ptaki mogły rozwinąć się poprzez radiację adaptacyjną, czyli poprzez zróżnicowanie na tle genetycznym oraz ewolucyjnym organizmów, które zaliczane są do jednej linii rodowej. W wyniku takowej radiacji z jednego gatunku tworzą się kolejne nowe, które przystosowują się w takowy sposób do życia w różnym środowisku. Główne linii rozwojowe zaczęły tworzyć się przed okresem masowego wymierania w okresie kredy. Linie te kategoryzowało będzie się w oparciu o jedne z najnowszych systemów klasyfikacji, w dwa osobne rzędy.
Obecna klasyfikacja
Klasyfikacja współczesnych gatunków ptaków cały czas pozostaje kwestią sporną – jedna z prac, która powstała w ostatniej dekadzie wieku dwudziestego stała się jednak pierwszym z kroków do dokładnej klasyfikacji ptaków, choć cały czas jednak podnoszą się głosy, że wymagała będzie ona poprawy. Przewaga dowodów archeologicznych i naukowych sugeruje jednak, że większość rzędów ptaków nowożytnych stanowiła będzie poprawne grupy. Naukowcy cały czas jednak nie umieją dojść do zgody jeśli chodzi o dokładne relacje pomiędzy poszczególnymi rzędami, anatomia współczesnych ptaków, skamieniałości i tym podobnych doprowadziła do wskazania problemu, który jest dość wyraźny. Największe z dotychczasowych badań dotyczące genetyki ptaków opublikowane zostały półtora roku temu i będą one obalały najbardziej hipotetyczne racje pomiędzy poszczególnymi rzędami. Powoduje to że istnieje konieczność całkowitej rewizji drzew filogenetycznych całego rodu ptaków.